April. Arato, Schüler im zweiten Jahr der Oberschule, verbringt friedliche und ganz normale Tage mit seinen Freunden Ryo und Kengo. Bis zu diesem Abend. Auf dem Weg zurück vom Einkaufen attackiert ein amoklaufender hIE Arato. Da kommt ihm ein wunderschöner hIE namens Lacia zu Hilfe.
Nachdem sie einen Besitzervertrag mit Arato geschlossen hat, lebt Lacia bei den Endos. Auch Aratos Schwester Yuka nimmt sie begeistert auf und meldet sie sogar bei einem hIE-Model-Casting an. Arato hingegen kann kaum verbergen, wie sehr es ihn verwirrt, mit der augenscheinlich gleich alten, bildschönen Lacia zusammenzuleben.
Obwohl er nun weiß, was ein analoger Hack ist, schlägt Lacias Erscheinung Arato in den Bann. Da wird Lacia vor den Augen Yukas "entführt". Empört darüber, dass die Polizei dies nur als "Diebstahl einer Sache" behandeln will, mobilisiert er Ryo und Kengo und will der Angelegenheit auf eigene Faust nachgehen.
Kouka, der bösartige hIE und selbsternannte "Schwester Nr. 1" Lacias, steuert das Antikörper-Netzwerk in der Absicht, einen schrecklichen Terroranschlag auszuüben. Als Arato erfährt, dass sie auch Kengo in ihre Pläne verwickelt, versuchen er und Lacia, ihn zu retten.
Arato eilt zum Wirtschaftszentrum, dem Ziel des Terroranschlags vom Antikörper-Netzwerk. Dort stößt er auf den Politikerandroiden Mikoto, an dessen Entwicklung sein Vater beteiligt ist. Ein Verdacht wird in ihm wach. Doch schon greift das von Kouka geführte Antikörper-Netzwerk an, zusammen mit einem weiteren hIE der Lacia-Klasse. Mitten im Hochhaus kommt es zum dramatischen Kampf ...!
Arato hat die Katastrophe im Wirtschaftscenter unbeschadet überstanden. Obwohl er in seinen friedlichen Alltag zurückgekehrt ist, wird er von den zunehmenden Rätseln abgelenkt und kommt nicht zur Ruhe. Etwa zu dieser Zeit wird der Streit innerhalb von Meme Frame immer heftiger und Methode, ein hIE der Lacier-Klasse, setzt sich in Bewegung.
Lacia hat einen neuen Job als Model. Sie soll bei einem Image-Video mitspielen, das eine neue Beziehung zwischen Mensch und hIE promotet. Die Menschen sollen hIE des anderen Geschlechts als gleichwertige Partner ansehen. Der Titel des Videos lautet "Boy meets Girl". Dieses kühne Konzept, das wohl für viel Aufsehen in der Bevölkerung sorgen wird, lässt Aratos Herz in Aufruhr geraten.
Methode, die mit Shiori einen Vertrag eingegangen ist, hat Lacia während der Filmaufnahmen für ein Commercial attackiert. Aratos und Lacias Beziehung gerät erneut in Turbulenzen. Da kommt eine neue Schülerin in Aratos Klasse. Es ist Erika Burrows - die im 20. Jahrhundert geborene und aus dem Kälteschlaf erwachte "schlafende Prinzessin". Diese Erika begegnet Arato merkwürdig feindselig.
Shiori beginnt, ihren Plan umzusetzen. Dann wird Arato die Besitzrechte über Lacia verlieren. "Arato-san, bitte lass mich bei dir sein." Dieser unerwartete Wunsch Lacias berührt Arato, und er eilt zum Internationalen Flughafen Chubu, um Shiori zu stoppen.
Als Strafe für die Schäden, die Lacias und Methodes heftiger Kampf verursacht hat, wird Arato zwei Wochen von der Schule supendiert und muss außerdem 4,5 Millionen Yen abstottern. Um sich bei seinem Vater Kozo zu entschuldigen, der die Hälfte davon übernehmen will, fährt Arato mit Lacia, Yuka und Ryo nach Tsukuba, wo in einer Laborstadt ein großes hIE-Experiment durchgeführt wird.
Vor Lacias Augen entführt Methode Yuka. Arato und Ryo eilen zu ihrer Rettung. Doch zuvor haben sich durch einen Trick Ginga Watarais die hIEs in der experimentellen Stadt quasi in Zombies verwandelt, die sich ihnen massenhaft in den Weg stellen. Um die Kontrolle über die hIEs zurückzugewinnen, attackieren Arato und Ryo das Kontrollzentrum, doch ...
Der Tod von Ginga Watarai setzt der experimentellen Stadt vorerst ein Ende. Mitten im Tumult hatte Arato Lacia seine Liebe gestanden. Lacia hat seinen Antrag akzeptiert. Yuka wiederum bringt dem neuen Paar in ihrem Zuhause widersprüchliche Gefühle entgegen. Währenddessen hat die Lage begonnen, sich zu ändern, die Sicherheitspolizei und die Herren der Lacia-Klasse treten in Aktion.
Nach Erikas Einladung der hIEs der Lacia-Klasse in die Villa Burrows beginnt die nächste Stufe ihres Kampfes. Jede der Maschinen sucht nach neuen Wegen. Kouka wird wegen der Explosion am Flughafen Chubu von der Sicherheitspolizei gesucht. Sie spürt, dass für sie die Chance auf eine "Zukunft" sinken.
Kouka vollführt ganz alleine einen Terroranschlag des Antikörpernetzwerks auf das "Forschungszentrum der Gesellschaft der nächsten Generation". Filmaufnahmen ihrer überwältigenden Zerstörungskraft verbreiten sich weltweit und lösen bei den Menschen hysterische Reaktionen aus. Das ist, was Kouka mit der "Zukunft" verbinden wird ...
Aufgescheucht durch Koukas Terroranschlag, hat die Sicherheitspolizei Kengo verhaftet. Arato ist entschlossen, ihm zu Hilfe zu eilen und gibt Lacia den entsprechenden Befehl. Lacias strategischem Plan folgend, trifft Arato auf die Privatarmee "HOO", die Kouka zerstört hat.
Schockiert von Koukas Zerstörung, tritt Snowdrop schneller als geplant in Aktion: Sie hält das Umspannwerk Mitaka besetzt, wodurch sie die Kontrolle über die Stromversorgung erhält, und bringt Unheil über den Stadtteil. Arato und Lacia stürzen los, um sie zu stoppen. Da stellen sich ihnen Ryo und Methode in den Weg.
Lacias Geheimnis ist aufgeflogen. Arato weiß auf diesen Schock nicht zu reagieren und rückt von Lacia ab. Allein völlig wehrlos, wird er von Ryo und Methode in Sicherheit gebracht und kann das von Snowdrop verursachte Unheil vor dem Monitor lediglich hilflos mitverfolgen.
Angetrieben von Shiori und Yuka, hatte Arato beschlossen, Lacia erneut gegenüberzutreten. Wenn sein Befehl noch Gültigkeit hat, sollte Lacia versuchen, Snowdrop aufzuhalten ... Mit dieser Überlegung bricht er nach Mitaka auf, das sich durch Snowdrops Kräfte zu einer Geisterwelt gewandelt hat.
Zwei Monate nach der Tragödie in Mitaka. In einer Welt, die zumindest an der Oberfläche zur Normalität zurückgekehrt zu sein scheint, halten sich Arato und Lacia versteckt und verbringen eine Art Flitterwochen, während sie sich auf kommende Ereignisse gefasst machen. Doch wie um ihr bescheidenes Glück zu zerstören, nimmt da die Super-AI "Astraia", der Stolz der IAIA, Kontakt auf ...
Super-AIs haben die Welt verändert. Während der Kampf um die Folgen dieser Entwicklung, in dessen Zentrum Arato und Lacia stehen, an Heftigkeit gewinnt, führen die Vertreter der alten Garde zynische Gespräche darüber, wie sie ihre Profite maximieren können. Ihre Dummheit bringt nur eine Person unter den Teilnehmern in Rage: Erika Burrows.
Die superintelligente KI Higgins. Der Kern von Memeframe, einer der Schlüssel zur Zukunft der Menschheit und der Schöpfer von Lacia. Arato und Lacia durchqueren eine riesige unterirdische Anlage, um Higgins zu kontaktieren. Dort werden sie eine Zukunft finden, die weit über die menschliche Vorstellungskraft hinausgeht.
Wieder ist es Methode, die sich Arato und Lacia in der unterirdischen Anlage, die Higgins beherbergt, in den Weg stellt. Eine weitere Gefahr droht ihnen durch Snowdrop, geschickt von feindlichen Super-AIs. Im eskalierenden Konflikt geben Arato und Ryo alles, um ihrer Verantwortung als Menschen gerecht zu werden.
Snowdrop gleitet in die unterirdische Anlage, halb Mensch, halb Vogel - ein seltsames Monster, erdacht von Super-AIs, nicht mehr angewiesen auf die Existenz der Menschen. Um Snowdrop aufzuhalten, versucht Lacia in das Cloud-System einzugreifen, mit dem das Verhalten von hIEs kontrolliert wird. Das wird große Auswirkungen auf die gesamte Menschheit haben.
Um eine Zukunft zu wählen, setzen Lacia und Arato ihren Weg zum innersten Kern der Lagerhallen von Higgins fort. Dicht aneinandergeschmiegt und sich gegenseitig stützend, wirken sie wie ein einziges Wesen. Doch für die in den heftigen Kämpfen verletzte Lacia läuft die Zeit ab ...