Staffel 1

Die U-Boot-Crew Ponto und Balty baden sorglos, als das Kühlsystem des U-Boots Hydronica durch den Ausfall von Obos System Alarm schlägt. Das Problem: Obwohl mitten im Ozean, benötigt das System dringend Süßwasser, da Salzwasser schädlich ist. Nach gescheiterten Versuchen (Regentanz, Destillation) schlägt Balty vor, Schmelzwasser von Eisbergen zu nutzen. Beim riskanten Manöver sinkt die Hydronica in die Tiefe. Am Meeresboden entdecken die Hydronauten rätselhafte Wasserblasen, was auf mögliche Süßwasserquellen im Ozean hindeutet.

Balty und Ponto sehnen sich nach Urlaub und wollen bei einem Tauchwettbewerb in der Nordsee feststellen, wer von beiden der bessere Taucher ist. Neptuna ist mit der Filmkamera dabei und hält zunächst auf Balty, der unter Wasser wahre Kunststücke vollführt und dann beim Auftauchen unglücklicherweise Pontos Rollstuhl von Deck schubst. Der Rollstuhl sinkt in die Tiefe, kann aber schließlich von Obos Metalldetektor ausgemacht werden. Der schuldbewusste Balty begibt sich erneut in die Tiefe, kriegt den Rollstuhl tatsächlich zu fassen, bemerkt jedoch zu spät, dass er und der Rollstuhl sich in den Maschen eines Treibnetzes verfangen haben. Ein erfahrener Kabeljau erklärt dem panischen Seehund, dass außer ihm noch viele andere Fische im Netz gefangen sind und durch das zunehmende Gewicht in die Tiefe gezogen werden, und entsetzt realisiert Balty, dass die Luft in seinen Lungen nur noch für kurze Zeit reichen wird.

Frühjahrsputz auf der „Hydronica“: Balty und Ponto müssen unter Obo's Aufsicht die „Hydronica“ schrubben. Ausgerüstet mit Wasser und Superphosphat-Reiniger putzen sie im Eiltempo. Währenddessen trifft Neptuna in der Ostsee auf einen Lachsschwarm, der auf dem Weg zu seinem Laichplatz ist. Neptuna erfährt, dass die Lachse sich mit ihrem Geruchssinn orientieren, der selbst auf kleinste Geschmacksveränderungen empfindlich reagiert. Plötzlich breitet sich ein mysteriöser Schaumteppich aus, der die Lachse verwirrt und ihre Reise gefährdet. Neptuna versucht, den Schaum mit dem Bordstaubsauger zu entfernen, doch es bildet sich immer wieder eine neue Schicht. Als sie der Ursache auf den Grund geht, stellt sich heraus, dass der Schaum „hausgemacht“ ist.

Die Crew der "Hydronica" belauscht Miesmuscheln und Heringe in der Ostsee, als ein lautes Geräusch sie erschreckt. Sie entdecken einen verängstigten Schweinswal namens Rupert, der seine Mutter verloren hat. Balty und Ponto wollen ihm helfen. Doch Pontos wilder Jetski-Fahrstil verschreckt den kleinen Wal. Rupert fasst nur langsam Vertrauen zu Balty. Währenddessen bemerken die Crew-Mitglieder, dass sie sich in einer Schifffahrtsroute befinden. Mithilfe von Witzen und Aufmunterungen geleiten Obo, Neptuna und Ponto Rupert durch die gefährliche Fahrrinne mit den riesigen Schiffsschrauben. Aus purer Begeisterung über die gelungene Rettung fällt Ponto jedoch rückwärts aufs Steuerpult. Die "Hydronica" treibt nun manövrierunfähig in der Gefahrenzone. Werden die Schweinswale ihnen helfen können?

Ein heftiger Sturm vor der norwegischen Küste versetzt die Crew der "Hydronica" in Aufruhr. Geschirr fliegt durch die Gegend, und Pontos neuer Rollstuhlmotor fällt aus. Um einem gewaltigen Öltanker auszuweichen, taucht das U-Boot ab. Unter Wasser ist es ungewöhnlich dunkel, und an der Oberfläche breitet sich ein gewaltiger Ölteppich aus – der Tanker hatte ein Leck. Die Crew muss handeln, denn ein Vogelküken hat sich im Öl verfangen, Seesterne senden einen Notruf, und der Ölteppich muss gestoppt werden. Die drei Freunde müssen diesen Herausforderungen gewachsen sein.

Neptuna will ihre Algensammlung im Mittelmeer vervollständigen, aber Oktavia spielt mit den Etiketten der Proben. Da die Proben nun nutzlos sind, beobachten Ponto und Balty die Schiffe im nahen Hafen. Ponto fällt ins Wasser und taucht bedeckt mit winzigen Schnecken wieder auf. Die Schnecken stammen aus dem Pazifik und haben ein neues Zuhause gefunden. Balty und Neptuna bieten ihnen Algensproben an, doch keine schmeckt den Schnecken. Schließlich lässt Obo eine künstliche, optimale Alge herstellen. Die Schnecken vermehren sich rasant und übernehmen die „Hydronica“. Als Obo die Futterproduktion einstellt, fragen sich alle, wie die Schnecken ohne Nahrung den langen Rückweg antreten sollen.

Neptuna und ihre Besatzungsmitglieder steuern die Antarktis an, um das Leben im ewigen Eis zu erforschen. Das passt dem verfrorenen Ponto so gar nicht in den Kram, denn ihm wäre ein Aufenthalt an einem tropischen Strand wesentlich lieber. Um die Tropen in die Hydronica zu holen, dreht er die Heizung bis zum Anschlag auf, und legt damit das ganze Heizungssystem lahm. Neptuna will die Expedition abbrechen und umkehren, um die Crew ohne Heizung nicht den antarktischen Temperaturen auszusetzen. Obo jedoch funkt ihr dazwischen: er hat einen Hilferuf erhalten. Ohne zu zögern eilt Neptuna Paul, einem Kaiserpinguin, zu Hilfe. Der brütet gerade seinen Nachwuchs aus und ist mit samt seinem Eisberg vom Schelfeis abgebrochen, so dass er nun hilflos und von seiner Kolonie getrennt im Meer treibt. Jeden Moment kann der Pinguin-Nachwuchs ausschlüpfen, aber dann braucht das Kleine unbedingt seine Mutter. Und die sucht irgendwo in der Antarktis verzweifelt nach ihrem verschollenen Mann.

Auf einer Tour in subtropischen Gewässern testet Balty Neptunas Unterwasserscooter. Gemeinsam treffen sie auf Hammerhai Sam. Balty flieht panisch und verliert dabei Neptuna. Sie freundet sich ohne Angst mit Sam an und erzählt später Ponto und Balty von den faszinierenden Fähigkeiten der Haie. Balty fühlt sich als Feigling, weil er sie allein gelassen hat. Als er Ponto und Neptuna belauscht und glaubt, sie würden sich über ihn lustig machen, verlässt er die "Hydronica". Niedergeschlagen lässt er sich auf einer kleinen Insel nieder. Dort trifft er den Einsiedlerkrebs Jakob, der ein neues Zuhause sucht. Balty verspricht, ihm zu helfen und springt mutig ins Wasser – nur um Sam und drei weitere Haie zu treffen. In der Zwischenzeit bemerken Ponto, Oktavia und Neptuna, dass Balty verschwunden ist.

Im Indischen Ozean entdecken die Hydronauten ihre Begeisterung für die heimischen Fische. Doch Neptunas Freude währt nur kurz, da Obo ihr mitteilt, dass der Logdiamant fehlt. Ohne diesen muss sie ihre Mission abbrechen. Als sie gerade die Koffer packen wollen, schwimmt ein Tintenfisch mit einem Stein am Sichtfenster vorbei, der dem Diamanten verdächtig ähnlich sieht. Neptuna folgt ihm in seine Höhle. Der Tintenfisch ist beleidigt, weil er fälschlicherweise des Diebstahls verdächtigt wird. Erst ein Kompliment für seine Höhle stimmt ihn um. Er schlägt einen Tausch vor: Wenn Neptuna ihm eine neue Lampe besorgt, zeigt er ihr, wo sie einen neuen Logdiamanten finden kann. Neptuna geht auf den Handel ein, ohne zu bedenken, dass die einzige Lampe an Bord Ponto gehört, der sich nicht von ihr trennen will.

Im Pazifischen Ozean entdeckt die Crew der „Hydronica“ ein beeindruckendes Korallenriff. Obwohl Bordcomputer Obo sie vor diesem sensiblen Ökosystem warnt, können Balty und Ponto ihre Finger nicht von den schönen Muscheln und Tritonshörnern lassen. Sie sammeln alles, was sich nicht wehrt und schmuggeln die Schätze mit Oktavias Hilfe an Bord. Wegen eines Schadens am Stabilisatorsystem kann das Schiff nicht starten. Dort sitzt der blinde Passagier Leon, ein kleiner Putzerfisch. Leon hat Hunger, aber seine Kunden bleiben aus. Neptuna und er fragen sich, wo die Bewohner des Riffs geblieben sind.

Vor der Küste Ostindiens erlaubt Neptuna ihrer Crew, das „Fest der Sieben Sonnen“ mit einem Strandpicknick zu feiern. Die Riesenschildkröte Tamara, die zur Eiablage zurückgekehrt ist, wird ebenfalls eingeladen. Nach der Party bricht Tamara plötzlich überstürzt auf, und auch Ponto verabschiedet sich kurz angebunden von seinen Freunden. Während Tamara einen Platz für ihre Eier sucht, bereitet Ponto heimlich ein Überraschungsfeuerwerk vor. Als er es zündet, ist Tamara von den Lichtern so irritiert, dass sie den Weg zurück ins Meer nicht findet. Ihr Freund Theo, der sehnsüchtig auf sie wartet, alarmiert die Crew der „Hydronica“. Gemeinsam suchen sie nach Tamara, doch sie bleibt verschwunden.

Im Westpazifik, bei einem Tauchgang in die Tiefsee, fällt die Hydraulikpumpe der „Hydronica“ aus. Das U-Boot sinkt unkontrolliert und kommt erst am Rande eines Tiefseegrabens zum Stehen. Nur Balty kann in dieser Tiefe tauchen, um die Pumpe manuell zu reparieren. Er hat jedoch Angst vor einem mysteriösen Ungeheuer, das in der Tiefsee leben soll. Mutig tritt Balty seine Mission an und trifft statt eines Monsters auf wundersame Wesen, die perfekt an die extremen Bedingungen angepasst sind. Sie bieten ihm ihre Hilfe bei der Reparatur an. Balty ist so fasziniert von einem Anglerfischpaar, dass er unkonzentriert arbeitet. Als er stolz an Bord zurückkehrt, muss er erfahren, dass die „Hydronica“ immer noch manövrierunfähig ist.

Balty und Ponto wünschen sich nach langer Zeit auf der "Hydronica" einen Landgang und vor allem gutes Essen. Vor der Küste Floridas legen sie einen Gemüsegarten an. Weil ihnen das Wachstum zu langsam geht, mischt Ponto einen hochwirksamen Dünger. Bald können sie ernten, aber gleichzeitig werden die Seekuh Rosi und ihr Sohn Johnny krank. Neptuna pflegt die beiden wieder gesund, doch sobald sie ins Meer zurückkehren, erleiden sie einen Rückfall. Neptuna und die Crew sind ratlos, bis Obos Gewässeranalyse eine überraschende Entdeckung macht.