Hakuno Kishinami ist in einem Kampf auf Leben und Tod gefangen, erinnert sich jedoch nicht, wie er dort hingelangt ist. Lasst den Krieg um den Heiligen Gral beginnen.
Während er in einer sich wiederholenden virtuellen Welt namens SE.RA.PH lebt, fühlt Hakuno die Wut in sich aufkommen. Doch sie gibt seinem Leben einen Sinn.
Voller Stolz stellt sich Saber vor und bereitet Hakuno auf den bevorstehenden Krieg vor. Doch die Suche nach einem weiteren Master erweist sich als unerwartet schwierig.
Hakuno und Saber lernen Rin, einen selbsterklärten Resistor, kennen. Hakuno erfährt, dass er Shinji, den Floor-Master, töten muss, um ins nächste Level zu gelangen.
Nach dem Aufstieg ins nächste Level werden Hakuno und Saber sofort in einen Hinterhalt gelockt. Die Lage scheint hoffnungslos. Doch ein Fremder namens Rani VIII weiß Rat.
Rani VIII erzählt Hakuno vom Floor-Master: Dan Blackmore. Außerdem erfahren sie, weshalb er niemals aufsteigen wird – ungeachtet der Anzahl von Leben, die er vernichtet.
Nach seinem Aufstieg ins rätselhafte dritte Level begegnet Hakuno Alice, einem Cybergeist, der ganz allein in einem verfluchten Wunderland lebt.
Ihr einziger Ausweg aus der Zeitschleife, in der sie gefangen sind, wäre der Sieg gegen Alice. Obwohl er weiß, wie oft sie bereits getötet hat, zögert Hakuno.
Rin bereitet sie auf den fünften Level vor, in dem ein Berserker sein Unwesen treibt. Es gibt keinen Floor-Master, doch vielleicht lauert etwas viel Schlimmeres.
Ein Mädchen taucht auf, das ebenfalls Hakuno Kishinami heißt. Saber erzählt dem männlichen Hakuno, dass sie für den erneuten Kampf gegen den Berserker bereit ist.
Im sechsten Level werden Hakuno und Saber plötzlich von Kreaturen attackiert, die genauso aussehen wie Rin und Rani.
Hakuno und Saber erreichen das letzte Stratum, wo vor 1.000 Jahren eine vorherige Inkarnation Hakunos vor seinem Untergang den Master besiegte.
Hakuno und Saber sind nun wieder auf dem niedrigsten Stratum und müssen ganz von vorn anfangen. Es ist ein Rennen gegen die Zeit.
Endlich beginnt der lang ersehnte Kampf. Hakunos letzter Gegner Twice H. Pieceman enthüllt seine Identität und die Gründe für den Krieg.