Die Actionserie „Fauda“ (arabisch für „Chaos“) thematisiert die zwei Seiten des israelisch-palästinensischen Konflikts. Doron, der Kommandant einer israelischen Undercover-Einheit, jagt zusammen mit seinem Team den Hamas-Aktivisten Abu-Ahmad. Gleichzeitig wird dessen Geschichte und das Schicksal seiner Familie erzählt, weshalb sie einen Hass gegenüber Israel entwickelt haben.
Als Doron erfährt, dass der totgeglaubte Hamas-Aktivist Abu Ahmed an der Hochzeit seines Bruders teilnehmen wird, schließt er sich seinem alten Team für eine verdeckte Operation an, aber der Plan gerät schnell aus dem Ruder.
Nachdem Doron wieder aktiv geworden ist bittet er Moreno sich wieder dauerhaft dem Team anschließen zu dürfen. In der Zwischenzeit beschließt Amal, sich selbst zur Märtyrerin zu machen, um ihren Ehemann zu rächen.
Abu Ahmed beauftragt Walid einen sofortigen Vergeltungsanschlag zu organisieren und Doron und Nurit gehen undercover, um sich einer Zielperson zu nähern.
Doron will Shirin für seine Sache gewinnen. Abu Ahmed riskiert sein Leben, um seine Frau zu sehen und Moreno schickt das Team in einen gewagten Einsatz.
Ein hochrangiger israelischer Offizier versucht Abu Ahmed aus seinem Versteck zu locken. Ali bekämpft den Verdacht ein Verräter zu sein und Boaz schließt sich der Truppe bei einem riskanten Einsatz an.
Doron, der für den katastrophalen Hinterhalt verantwortlich gemacht wird, nimmt die Sache selbst in die Hand und bittet das Team, sich ihm bei einer Mission anzuschließen, um die Dinge in Ordnung zu bringen.
Während Moreno versucht die Terroristen aufzuspüren gewinnt Doron das Vertrauen von Shirin und ergreift drastische Maßnahmen um einen Gefangenenaustausch herbeizuführen.
Nach dem Gefangenenaustausch verschwindet Doron. Walid konfrontiert Abu Ahmed mit seinen Taten und Morenos Boss droht das Team aufzulösen.
Während das Misstrauen zwischen Abu Ahmed und seinem inneren Zirkel wächst, gibt sich Doron als Möchtegern-Selbstmordattentäter aus, um seinem Ziel näher zu kommen.
Doron bekommt überraschend Besuch, während er darauf wartet, sein Schicksal zu erfahren. Abu Ahmed legt seinen Masterplan vor, der das Machtgleichgewicht in der Region verändern könnte.
Doron's Chefs geben ihm grünes Licht, seinen Plan auszuführen, aber er entdeckt den Tribut, den seine Familie für seine Besessenheit von Abu Ahmed bezahlt hat.
Während das Team sich bemüht, Doron bei seiner Mission in die Höhle des Löwen zu unterstützen, trifft Walid eine Entscheidung, die alles verändern könnte.