Ein riesiger Würfel mit einer Kantenlänge von 2 Kilometern erscheint mitten über einer Startbahn des Haneda-Flughafens. Ein Passagierflugzeug befand sich direkt unter ihm und niemand weiß, ob die Passagiere noch am Leben sind. Bei einer Notfallsitzung beschließt die japanische Regierung, zunächst aktiv an Informationen über diesen Würfel namens „Kado“ zu gelangen. Doch was wird man unternehmen, wenn selbst die stärksten Waffen im Arsenal der JGSDF keine erkennbare Wirkung zeigen?
Ein fremdes Wesen mit menschlicher Erscheinung namens Yaha-kui zaShunina tritt zusammen mit Shindō aus dem Würfel hervor und äußert den Wunsch, mit den Menschen und der Regierung Japans in Kontakt zu treten. Nach kurzer Verhandlung mit Shindō gibt er der Regierung drei Stunden Zeit, um die nötigen Vorkehrungen zu treffen.
Die Augen aller Welt sind auf die Verhandlungen zwischen der japanischen Regierung und dem fremdartigen Wesen namens Yaha-kui zaShunina gerichtet, welches sich großzügig und tolerant zeigt. Das ändert jedoch nichts am Gewicht dieser Situation, an der nun die ganze Welt beteiligt ist. Schnell wird klar, dass es nicht nur um das Wohl der 251 Passagiere an Bord des Flugzeugs im Innern von Kado geht, sondern um die Zukunft der gesamten Menschheit.
Wam, eine unerschöpfliche Energiequelle, ist für viele zu schön um wahr zu sein. Andere sehen darin eine den Kernwaffen gleiche Bedrohung, vor allem wenn ein Land allein darüber verfügt. Deshalb fordern die Vereinten Nationen, dass Japan seinen gesamten Wam-Vorrat übergibt, was jedoch nicht zaShuninas Vorstellung der Verteilung an die gesamte Menschheit entspricht.
Der Sicherheitsrat der Vereinten Nationen übt zunehmens Druck auf Japan aus, doch Yaha-kui zaShunina scheint einen Ausweg zu kennen. Er bringt Dr. Shinawa zusammen mit Shindō und Wam in einen EM-geschirmten Raum und begibt sich zu einem Gespräch mit dem Ministerpräsidenten hinter verschlossenen Türen.
Der Transport von Kado stellt eine große logistische Herausforderung dar. Der Würfel ist zwar keine Gefahr für die Gebäude, aber eine Evakuierung der Einwohner ist trotzdem erforderlich. Shindō, der schon seit Tagen durcharbeitet, hat einen Einfall. Dann stellt sich heraus, dass Yahakui zaShunina noch weitere Pläne für die Menschheit hat …
Yaha-kui zaShunina empfängt eine Gruppe Journalisten und demonstriert ihnen seine Pläne der menschlichen Weiterentwicklung. Shindō glaubt, dass sein neuer Zustand es ihm ermöglicht, ohne gesundheitliche Beeinträchtigungen auf Schlaf zu verzichten, doch er sieht ein anderes, viel größeres Problem. Ist zaShuninas Vorhaben wirklich gut für die Menschheit?
Shindō nimmt sich eine Auszeit vom Anisotropen und macht einen Ausflug mit Tsukai, die ihn von weiterer Unterstützung des anisotropen Wesens abbringen will. Er lernt ihre Familie kennen und die beiden verbringen den Rest des Tages miteinander. Sie will, dass die Würde des Menschen gewahrt wird, und teilt ihm mit, dass zaShunina eine Bedrohung für die Welt darstellt, die sie lieben gelernt hat.
Yaha-kui enthüllt eine weitere Vorrichtung. Diese, genannt Nanomis-hein, ermöglicht die Kontrolle der Naturkonstanten. Erstmals offenbart er Shindō auch den Grund für seinen Besuch im Universum und seine Zukunftspläne.
Als Yaha-kui zaShunina im Begriff ist, Shindō zu entfernen und gegen eine ältere Kopie auszutauschen, taucht Tsukai auf, um ihn aufzuhalten. Die wahre Entstehungsgeschichte des Universums und Tsukais Rolle darin wird klar.
Tsukai konnte im letzten Moment Shindō retten. Die beiden überlegen nun nach einer Möglichkeit Yaha-kui zaShunina aufzuhalten, der nicht nur Nanomis-hein auf der Welt verbreitet, sondern auch plant, die Menschheit ins Anisotrope zu überführen.
Shindō steht zaShunina gegenüber, um sein Vorhaben zu verhindern, die Menschheit ins Anisotrope zu bringen. Wird es ihm mit seiner neu entwickelten Ausrüstung gelingen, zaShunina zu überraschen?