In Staffel 2, während der Kampf der CIA gegen den Terror immer näher an die Heimat rückt, rekrutieren Joe, Kaitlyn und Byron eine neue Lioness-Agentin, um eine bisher unbekannte Bedrohung zu infiltrieren. Unter wachsendem Druck von allen Seiten muss Joe sich den tiefgreifenden persönlichen Opfern stellen, die sie als Leiterin des Lioness-Programms gebracht hat.
Joe, Kyle und das QRF-Team starten eine dringende Evakuierungsmission, nachdem ein hochrangiger Regierungsvertreter von einem Kartell entführt wurde.
Nach der Identifizierung einer neuen Lioness reist Joe mit ihrem Team in den Irak, um sie anzuwerben.
Kaitlyn kämpft um Unterstützung für ihren Plan, während das Lioness-Training für Captain Josie Carrillo beginnt.
Joe und Kyle nehmen Kontakt zu einer möglichen neuen Informationsquelle auf. Das erweiterte Team führt einen Einsatz mit unerwarteten Ergebnissen durch.
Eine in einem Lagerhaus gemachte Entdeckung erschüttert das Team. Joe ist zwischen zwei schwierigen Aufgaben hin- und hergerissen.
Die Situation auf dem Carrillo-Anwesen eskaliert schneller als erwartet, und Josie übernimmt die Initiative.
Trotz Joes geschwächtem Zustand wird das Team in den Irak zurückbeordert, um klare Verhältnisse zu schaffen.
Die Operation Sky Hawk wird gestartet, da Kaitlyn und Westfield Pablo unter Druck setzen, sich auf ihre Seite zu stellen.