Nemo stiehlt ein beeindruckendes U-Boot-Prototyp und flieht mit einer zusammengewürfelten Besatzung in den Indischen Ozean, entschlossen, Rache an der skrupellosen East India Mercantile Company zu nehmen.
Im Jahr 1857 flüchtet eine Gruppe Aufständischer um den geheimnisvollen Nemo aus einer Strafkolonie in Indien. Sie nehmen ein neuartiges Gefährt in Beschlag, das U-Boot Nautilus.
Bei dem riskannten Manöver gegen das Schiff der Company ist die Nautilus beschädigt worden. Nun droht das U-Boot zu implodieren. Ausgerechnet Humility hat die rettende Idee.
Die Nautilus hat einen Bombenbeschuss unbeschadet überstanden, wird aber nun von einem Riesenkraken umklammert. Nemo muss das Innere des U-Boots verlassen, um das Problem zu lösen.
Nachdem der Radscha die Nautilus-Crew an die Company verraten hat, kommt es zu einer weiteren Konfrontation mit der Dreadnought. Nemo begibt sich auf eine gefährliche Mission.
Das Abenteuer auf der unbekannten Insel ist noch nicht überstanden. Ein überdimensionaler Zitteraal hindert die Nautilus an der Weiterfahrt. Humility will ihn außer Gefecht setzen.
Die Nautilus nimmt wieder Fahrt auf, die Hitze an Bord geht zurück. Die Crew hat die Bakterieninfektion gut überstanden. Doch gibt es eine Hiobsbotschaft, Humility ist verschollen.
Die Nautilus nimmt Kurs auf das von Kapitän Nemo ausgegebene Ziel, die Säulen von Halvar. Doch die Dreadnought bleibt dem U-Boot auch in arktischen Gewässern auf den Fersen.
Nemo will mit der Nautilus auf eine geährliche Reise unter das arktische Eis gehen. Da er alle Bedenken der Crew ignoriert, kippt die Stimmung an Bord und es kommt zur Meuterei.
Nemo und die Crew der Nautilus haben sich versöhnt, er wird wieder zum Kapitän des U-Bootes ernannt. Die Suche nach dem sagenumwobenen Schatz der nordischen Göttin Freya beginnt.
Nemo und seine Mitstreiter sind in London angekommen. Dort streuen sie Gerüchte über finanzielle Schwierigkeiten der Company. Deren Börsenkurs bricht daraufhin dramatisch ein.