Gibbs und McGee sind nach der Befreiungsaktion im Dschungel von Paraguay den Rebellen in die Hände gefallen. Deren Boss hält sie auf einem Schiff gefangen und will ihnen Informationen entlocken, die er zu Geld machen kann.
Bei der Umbettung von Särgen auf einem Friedhof stellt sich heraus, dass in einem Sarg zwei Leichname beerdigt wurden. Bei einem der Toten handelt es sich um Navy-Lieutenant Richard Coyne.
Die Polizistin Michelle Lane starb während eines Undercover-Einsatzes - das dachte man zumindest. In Wahrheit ist sie untergetaucht. Mit ihr verschwanden zwei Millionen Dollar in Wertpapieren.
Navy Lieutnant Ethan Wynn wird während eines Dinners mit einem Messer attackiert. In Wirklichkeit hat es der Täter aber auf Wynns Frau Helen abgesehen, die noch am selben Abend spurlos verschwindet.
Bei den Anonymen Alkoholikern hat Reeves die sympathische Melissa Goodman kennengelernt, die eines Tages entführt wird. Sofort gerät ihr Freund Eddie unter Verdacht, den Melissa als gewalttätig beschrieben hat.
Der Mord an Petty Officer Jake Miller gibt dem Team Rätsel auf: Der Tote wurde auf einem Golfplatz abgelegt, an seiner Kleidung findet Abby jede Menge Kokain.
Gabriel Hicks sitzt seit elf Jahren im Todestrakt, weil er einen Navy-Lieutenant erschlagen haben soll. Die Anwältin Jessica Schaeffer rollt den Fall neu auf, da sie von seiner Unschuld überzeugt ist.
Die Informatikerin Amber hört beim Joggen eine Stimme, die sie zu einer Hütte im Wald führt. Dort liegt die Leiche von Victor King, einem Stahlmagnaten, der verschwunden war. Niemand glaubt ihr.
Der Waffenhändler Yorka erschießt den MI-5-Mann Nigel Ford, bevor der ihn festnehmen kann. Sloane und Ford haben gemeinsam in einem Fall ermittelt und waren befreundet. Jetzt sinnt sie auf Rache.
Senator Phillips, ein Ex-Marine, ist mit Sloane und Torres als Personenschützer in einem Militärlager der Marines in Afghanistan. Der Komiker Chet Goodman ist auf einer Goodwill-Tour ebenfalls dort.
Torres und Bishop haben einen Undercover-Auftrag. Als Pärchen getarnt, sollen sie sich in einen Drogenring einschleusen, der den Navy-Stützpunkt in Norfolk beliefert. Dabei bekommen sie natürlich Schützenhilfe von ihrem Team beim NCIS.
Der Suizid von Lieutenant Melissa Newhall, einer erfolgreichen JAG-Anwältin, wirft einige Fragen auf. Zum einen fehlt ein Abschiedsbrief, zum anderen schien sie ein glückliches, erfülltes Leben zu führen.
Die 15-jährige Genevieve Bell unternimmt mit ihrer Freundin eine Spritztour in einem "geborgten" Maserati ihres Nachbarn. Dabei überfahren sie versehentlich einen Marine.
Während der Ermittlungen im Mordfall des Navy Commanders Willis treffen Gibbs und sein Team auf den Ex-FBI-Agent Fornell. Der ist inzwischen Privatdetektiv geworden und untersucht den Fall im Auftrag eines Geldinstituts.
Durch die Explosion in Jessica Schaeffers Auto kam die Anwältin ums Leben, während Sloane mit leichten Verletzungen davonkam. Das CIS-Team vermutet Hicks hinter dem Mordanschlag, der aber alles abstreitet.
Petty Officer James Sweeney stirbt an vergifteten Keksen aus einem Care-Paket, das er vom Veteranenverein auf seinem Stützpunkt in Spanien bekommen hat.
In der Trödelsendung von Mike Wolf taucht eine Wikingerkriegskeule auf, die in Zusammenhang mit einem alten Fall von Gibbs und Ducky steht. Vor 16 Jahren wurde damit wahrscheinlich Petty Officer Finn erschlagen. Den Mörder hat man nie gefasst.
Während Gibbs und sein Team über Duckys Buch reden, kracht ein Mann auf eins der Oberlichter im Büro des NCIS. Er war angeblich von einer Klimatechnikfirma, aber es stellt sich bald heraus, dass er in Wirklichkeit ein vorbestrafter Junkie war.
Gibbs und sein Team ermitteln in einem Fall von Bandenkriminalität und stoßen auf die kleine Elena, die aus El Salvador geflüchtet ist und mit anderen Kindern in einer Notunterkunft der Navy lebt.
Petty Officer Tom Billings ist von Sheriff Pearson wegen Körperverletzung festgenommen worden. Der Sheriff soll ihn in seinem Wagen zum Gefängnis bringen. Unterwegs rast der Streifenwagen aber in einen See.
Sara Carter, ehemalige Soldatin, will Gerechtigkeit für ihre ermordete Mutter Mae. Sie versucht, Leute vom NCIS zu überreden, den Mord an ihrer Mutter, die ebenfalls bei der Navy war, aufzuklären.
Abby wurde bei dem Überfall nach ihrem Essen in dem In-Restaurant angeschossen. Reeves starb bei dem Versuch, sie zu retten. Gibbs und seine Leute sind schockiert und sehr wütend.
Bei der Trauerfeier seines guten Freundes Phil Brooks macht Gibbs eine überraschende Entdeckung: Phil lebt, er hatte sich in seinem Luftschutzkeller versteckt und seinen Tod nur vorgetäuscht, um seine Frau Marcy zu schützen.
McGee und Delilah wollen Sloane verkuppeln. Das Date mit Ray Martin in einem Restaurant lässt sich auch gut an. Da hört Sloane an der Bar eine bekannte Stimme. Sie stürzt sich auf den Fremden und wird zur Furie.