"Sisi" wirft einen neuen Blick auf das Leben einer jungen Frau, die als Kaiserin Geschichte geschrieben hat und als Filmfigur zur Legende wurde. Sie erzählt die Liebesgeschichte von zwei jungen Menschen zwischen persönlichem Verlangen und politischen Zwängen, zwischen Macht und Verletzlichkeit.
Auf der einen Seite Elisabeth von Österreich-Ungarn, genannt Sisi, die als "schönste Frau Europas" bekannt war, sich den starren höfischen Gepflogenheiten widersetzte und die Macht ihrer äußeren Erscheinung für sich und ihre Ideale zu nutzen wusste.
Auf der anderen Seite Franz Joseph I., der die Last der Krone in persönliche und politische Härte übertrug und in Sisi eine ungewöhnliche Verbündete fand.
Herzogin Elisabeth, genannt Sisi, reist widerwillig mit nach Bad Ischl zur Verlobung ihrer Schwester mit dem Kaiser Franz Joseph I. von Österreich. Schon beim ersten Treffen entsteht eine unbestreitbare Verbindung zwischen Sisi und Franz.
Sisi muss in kürzester Zeit für das Leben am Wiener Hof vorbereitet werden. In ihrer Verzweiflung findet sie in der Prostituierten Fanny eine ungewöhnliche Freundin, die versucht, Sisi auf ihre ehelichen Pflichten vorzubereiten.
Die Hochzeitsnacht scheitert, doch der Kaiser beweist Sisi seine Zuneigung, indem er seiner strengen Mutter, Erzherzogin Sophie, den Vollzug der Ehe vorspielt. Sisi weiß, dass der gewährte Aufschub nur von kurzer Dauer sein kann.
Während das Liebesglück des Kaiserpaares perfekt scheint, bahnt sich unbemerkt ein Attentat im engsten Kreis an. Gleichzeitig spitzt sich Franz' politisches Kriegstreiben weiter zu. Franz lässt Sisi darüber im Dunkeln.
Franz überlebt das Attentat knapp, und kaum hat er sich von seinen Wunden erholt, eilt er rachsüchtig zu seinen Truppen. Nicht einmal die Nachricht von Sisis erneuter Schwangerschaft kann den Kaiser besänftigen.
Sophie stirbt noch in derselben Nacht. Gemeinsam mit der toten Tochter fahren Sisi und Franz voller Trauer zurück nach Wien. Auch wenn sich die Beziehungen zu Ungarn verbessert haben, sieht Franz einen Krieg als einzigen Ausweg.