Spyro möchte beweisen, dass er wie die anderen Skylander auch seine eigenen Superkräfte hat. Die wird er brauchen, wenn er sich in Gefahr begibt.
Meister Eon befiehlt Stealth Elf, sich von einer Ninja-Dschinn-Gigantin namens Ninjini trainieren zu lassen. Ninjini ist eine ehemalige Kriegergröße mit Selbstzweifeln.
Die neue Kadettin Cynder freundet sich in der Akademie schnell mit Spyro an. Jedoch zweifelt sie an ihren eigenen Fähigkeiten als wahre Heldin.
Spyro und Stealth Elf werden in der großen Bibliothek eingesperrt, während alle anderen fernab der Akademie ihr langes Wochenende genießen.
Eruptor stellt fest, dass er wie Sherlock Holmes die Fähigkeit besitzt, Schuldige böser Taten auszumachen.
Als Skull seine Verbindung zu Hex unterbricht, wird Hex zu einem Vehikel des Bösen und versucht, die anderen in der Akademie in zombieähnliche Gestalten zu verwandeln.
Pop Fizz wird verhaftet und für Raubüberfälle überall in den Skylands vor Gericht gestellt. Die anderen Skylander müssen den wahren Schuldigen finden.
Eon kommt ins Teamhaus, um das Training zu leiten. Doch leider wird das Haus unter Quarantäne gestellt und alle werden krank.
Im Kampf gegen die böse Fire Viper landet die Clique schließlich in deren Bauch. Nun gilt es, ihre Differenzen beiseitezulegen, um einen Ausweg zu finden.
Eines von Jet-Vacs Eiern ist geschlüpft. Nun muss er versuchen, dem Baby ein guter Vater zu sein. Kaos und Glumshanks glauben, sie könnten Vater und Sohn sein.
Dreamcatcher leidet unter Gedächtnisverlust. Das ist die Chance für die Skylander, zurück in der Akademie zu verhindern, dass sie zu ihrem bösen Ich zurückkehrt.
Jet-Vac fühlt sich in Bezug auf seine Rolle bei den Skylander plötzlich nicht mehr gebraucht, da Sprocket zum Team stößt und alle technischen Probleme löst.
Spyro sucht im Rahmen seiner Ahnenforschung nach einem Drachenkönig. Kaos versucht, ein böses Wesen freizulassen, das über die Skylands herrschen soll.