Als Teil seines Skylands-Eroberungsplans beauftragt Bösewicht Strykore Kaos und Dark Spyro mit der Entführung von King Pen. Stealth Elf freundet sich mit Kaossandra an.
Die Skylander sind über Spyros Rückkehr an die Akademie hoch erfreut. Seine alten Freunde bemerken nicht, dass er etwas im Schilde führt.
Nach ihrer Auszeichnung als die größten Helden in den Skylands sind sich die Skylander ihrer Fähigkeiten etwas zu sicher.
Mit verstärktem Bart-Sinn entdeckt Eon, dass es an der Akademie einen Verräter gibt. Eruptor ist überzeugt, dass es sich dabei um Kaossandra handelt.
Eon entschließt sich, den gefragten Piloten Captain Flynn mit ins Team zu holen. Doch er muss feststellen, dass dieser seiner Legende womöglich nicht gerecht werden kann.
Als Eon von Food Fight außer Gefecht gesetzt wird, müssen Jet-Vac und Spyro für ein Treffen mit einem wichtigen Inspektor in seinen Körper schlüpfen.
Strykore hat ein Armband für Stealth Elf, das sie in einen Bösewicht verwandeln wird. Doch das Schmuckstück landet am falschen Handgelenk.
Jet-Vac glaubt, jemand habe Meister Eon in Staub verwandelt. Die drei Hauptverdächtigen sind Eruptor, Spyro und Stealth Elf, die sehr unterschiedliche Erklärungen haben.
Da sie mit Crash Bandicoot sprechen müssen, reisen Eruptor und Spyro in die Vergangenheit, um ihn zu finden. Doch bei ihrer Rückkehr hat sich die Gegenwart verändert.
Die Skylander wollen Kaos und die Schicksalsräuber im großen Skylands-500-Rennen besiegen. Doch im Team zusammenzuarbeiten, erweist sich schwieriger als erwartet.
Um Spyro die Finsternis auszutreiben, begeben sich die Skylander auf eine gefährliche Mission, bei der sie an das Gift einer Feuerviper kommen müssen.
Die Skylander müssen unbedingt vor Strykore und dessen Handlangern nach Ankus gelangen. Ein gewagter Plan ist ihre einzige Chance.
Die Skylander versuchen in einem Rennen gegen die Zeit, den Kern des Lichts vor Kaos zu retten. Strykore will Kaossandra wieder auf die böse Seite ziehen.