Das Universum wird von einem hitzigen Kampf gegen Eggman erschüttert. Um die Welt zu retten, kämpft sich Sonic auf der Suche nach seinen Freunden durch mehrere Parallelwelten.
Nach einem Zusammenstoß mit dem Paradox Prisma landet Sonic in einer öden Parallelwelt namens New Yoke City, die ihm seltsam bekannt vorkommt.
Nach einem Stromausfall bricht ein rebellisches Duo in ein Labor ein, in dem das Chaos-Komitee die seltsame Verbindung zwischen Sonic und einer Energiequelle untersucht.
Um das Bruchstück des Prismas zu schützen, kämpfen die Rebellen gegen das Chaos-Komitee. Sonic macht eine überraschende Entdeckung darüber, warum sich seine Welt aufspaltete.
In der Waldlabyrinth-Dimension begegnet Sonic Versionen seiner Freunde, die auf Bäumen leben und ihn vor einem Monster warnen, das auf dem Dschungelboden unterwegs ist.
Um in die richtige Dimension zurückzufinden, muss Sonic das Dschungelmonster bekämpfen, das seine Freunde bedroht hat, und sich ein mächtiges Bruchstück schnappen.
Sonic ist wieder in New Yoke und versucht verzweifelt, Neun zu überzeugen, dem Widerstand beizutreten. Der konzentriert sich aber ganz auf den Bau eines neuen Eigenheims.
Im tropischen Schmalland lernt Sonic eine nette Truppe Piraten und deren rätselhaften Kapitän kennen, der immer in Feierlaune ist.
Sonics Team ist dem Bruchstück ganz nahe, muss aber erkennen, dass es auch noch andere darauf abgesehen haben. Es gibt nur eine Möglichkeit, zu siegen: Geschwindigkeit!