X, ein von der Mafia beauftragter Killer, versucht einen supersmarten Hacker zu töten, den Mikes Vater beschützt.
Eine Gruppe Diebe, die sich als Vorschulmädchen verkleidet hat, will reich werden, in dem sie eine Druckmaschine für Hundertdollarnoten klaut.
Ein dementer Psychologe lockt die Ninjas in eine Anstalt, um zu testen, ob er die Macht hat, Gut in Böse zu verwandeln.
Im ersten Zweiteiler der Serie versucht der böse Ishina-Clan das Dojo zu finden. Und Mike erfährt, dass er das schwebende Schwert vor den Ishina verteidigen muss.
Die Ninjas müssen einen Bösewicht namens „Quake“ stoppen. Quake ist ein Riese, der die Stadt mit seine Metallhandschuhen terrorisiert.