Fünf Monate nach dem Angriff auf das GBI flieht eine Person aus Wills Vergangenheit aus dem Gefängnis und zwingt ihn, sich Befehlen zu widersetzen und eine Suche zu starten, die alte Wunden aufreißt und alles zu zerstören droht, was er mühsam wieder aufgebaut hat.
Als Will verschwindet und für tot gehalten wird, sucht das Team verzweifelt nach Antworten. Als Angie die Beweise hinterfragt, wird klar, dass etwas nicht stimmt, während Will, gefangen und verwundet, versucht, seinen Entführer zu überlisten.
Als ein Model ermordet wird, tauchen Will und Faith mit Hilfe von Ava, seiner ehemaligen Flamme, in eine verworrene Verschwörung in der Kunstwelt ein. Unterdessen verwandeln Bettys Instinkte eine routinemäßige Nachbarschaftskontrolle für Ormewood, Angie und Nico in eine entscheidende Spur in einem gefährlichen Fall.
Als eine Tänzerin bei den Atlanta World Salsa Championships ermordet wird, navigieren Will und Faith durch den Wettbewerb, um die Wahrheit aufzudecken. Unterdessen bemühen sich Angie, Ormewood und Franklin, College-Praktikanten zu managen, die einen 15 Jahre alten Cold Case untersuchen.
Während Angie und Ormewood eine Reihe von Dieben mit Tiermasken verfolgen, die mehrere Millionen Dollar erbeutet haben, untersuchen Will und Faith den Mord an einem hochkarätigen Partnervermittlungsmogul. Faith trifft einen mysteriösen Mann, der mehr ist, als er zu sein scheint.
Infolge von Faiths immer tiefer werdender Verstrickung mit Malcolm geraten ihre Undercover-Arbeit und ihre Gefühle in Konflikt miteinander; Amanda steht vor einer unerwarteten Herausforderung, während Seth und Angies nächstes Kapitel Gestalt annimmt.
Ein grausamer Mord in einem Vorort versetzt Will und Faith in die Gedankenwelt eines akribischen Mörders; Paul Campano droht, sowohl den Fall als auch Wills inneres Gleichgewicht zu zerstören.
Eine Frau, die völlig ausgeblutet aufgefunden wird, verwickelt Will und Caleb in einen erschreckenden Fall, der zu einem Verdächtigen führt, der Wills Schmerz widerspiegelt. Unterdessen ist Amanda gezwungen, sich ihrem anhaltenden Trauma zu stellen.
Das schockierende Geständnis eines Zeugen zwingt Ormewood, Angie und Faith zu einem Wettlauf gegen die Zeit und zur Wiederaufnahme der Ermittlungen in einem Fall aus der Todeszelle. Das Abendessen von Will und Ava endet im Chaos, als sie verfolgt und des Diebstahls beschuldigt wird.
Als ein beliebter Student einer Studentenverbindung und sein Freund tot aufgefunden werden, versuchen Will, Faith, Angie und das Team, den Fall aufzuklären. Unterdessen jongliert Angie mit einem Elternkurs, Seth hat mit Ängsten als frischgebackener Vater zu kämpfen und Faith muss sich ihrer Zukunft stellen.
Als ein ermordeter Mann denselben Namen wie sein Onkel Antonio trägt, eilt Will nach Puerto Rico. Zusammen mit FBI-Agentin Elkie durchquert er die Insel und den dichten Regenwald auf der Suche nach Hinweisen, die die Suche nach seinem Onkel zunehmend zu einer persönlichen Angelegenheit machen.
Will macht sich Sorgen um den Verbleib seines Onkels und findet bei Angie emotionalen Beistand. Unterdessen zieht der Mord an einem berühmten Dirigenten, bei dem rätselhafte musikalische Hinweise gefunden wurden, Ormewood, Faith und Franklin in die Welt des Atlanta Symphony Orchestra hinein.
Amanda bittet Will und Faith um Hilfe, nachdem ihre Waffe bei einer Notwehrhandlung zum Einsatz gekommen ist und sich der Verdacht gegen sie verdichtet. Auf einer Hochschul-Jobmesse treffen Angie und Ormewood auf einen Doktoranden, der behauptet, übersinnliche Visionen zu haben.
Will, Nico und Angie sitzen in einer Geiselnahme im Krankenhaus fest. Draußen machen sich Faith, Franklin und Ormewood auf die Jagd nach dem Schützen, während ein Anruf von einem Wegwerfhandy warnt, dass eine Person aus Wills Vergangenheit nach Atlanta zurückkehrt.
Faith und Ormewood untersuchen die Behauptung eines Mädchens, von Außerirdischen entführt worden zu sein, und decken dabei eine noch dunklere Wahrheit auf. Unterdessen stößt Amanda auf Warnungen des FBI bezüglich Adelaide und einer mysteriösen „Commander“-Figur, die mit Will in Verbindung steht.
Das Team ist zwar angeschlagen, aber unerbittlich: Es jagt Adelaide und sucht nach Antonio. Während Adelaide ihre eigenen Gefolgsleute systematisch ausschaltet, steht Will am Abgrund - gequält von einer Trauer, die so stark ist, dass sie das Team auseinanderreißen könnte.
Will und sein Team untersuchen eine Mordserie und decken dabei einen Fall auf, der alles andere als gewöhnlich ist. Allein und voller Trauer sieht sich Will einer Gefahr gegenüber, die jeden Atemzug zu einem Wettlauf gegen die Zeit macht.
Das Verschwinden einer Studentin löst eine verzweifelte Suche aus, die schnell zeigt, dass es sich um etwas weitaus Gefährlicheres als eine einfache Entführung handelt. Während das Team darum kämpft, die Wahrheit aufzudecken, begibt sich Angie, die kurz vor der Geburt steht, mit Seth ins Krankenhaus.